Die Ursprünge der Besiedlung Mdinas gehen in die Bronzezeit zurück, damals diente der Hügel wegen der strategisch günstigen Lage als Wohnplatz. Die Phönizier bauten ihn als Festung aus und nannten den Ort Malet (= Zuflucht). In der Römerzeit wandelte sich der Name in Melita. Die Römer umgaben die Stadt zusammen mit dem benachbarten Rabat mit einer starken Festungsmauer.